یکی از موارد مهم مالیاتهای غیرمستقیم، حقوق و عوارض گمرکی و حقوق ورودی است که در فرایند تشخیص و وصول این نوع مالیاتها، همواره احتمال وقوع اختلاف بین صاحب کالا و گمرک وجود دارد. حل این نوع اختلافات، به دلیل فوریت در مراجعی مجزا از دادگاههای عمومی رسیدگی میشود. از این رو، برای جلوگیری از دادرسیهای طولانی سعی میشود اختلافات طی تشریفات اداری، از طریق اداره گمرک حل و فصل شود. در غیر اینصورت، وارد اولین مرحله رسیدگی شبهقضایی یعنی کمیسیون بدوی رسیدگی به اختلافات گمرکی و سپس وارد مرحله دوم یعنی کمیسیون تجدیدنظر و پس از آن دیوان عدالت اداری می شود همچنین سعی شده فرایند رسیدگی این مراجع بر طبق اصول دادرسی منصفانه مورد بررسی قرار گیرد.
)